Внутримышечный способ введения гепарина значительно болезненнее, вызывает более выраженное удлинение времени свертывания на высоте действия (через 2-4 часа от начала инъекции), антикоагуляционный эффект менее продолжителен. При тяжелых тромбоэмболиях, когда требуется немедленное вмешательство в свертывающие механизмы крови, гепарин должен вводиться только внутривенно. Первоначальная доза варьирует от 10 000 до 25 000 единиц в зависимости от состояния больного и тяжести осложнения. Необходимо помнить, что, начиная с 4-го часа от начала инъекции, концентрация гепарина в крови быстро идет на убыль. В связи с этим приходится назначать гепарин каждые 4 часа в поддерживающих дозах (5000-10 000 единиц) под контролем времени свертывания крови. Свертываемость можно определить просто на Часовом стекле. Непосредственно перед введением гепарина берут 4-5 капель крови из вены через иглу, не бывшую в соприкосновении с гепарином (забор гепарина производится другой иглой), после чего сразу же, не вынимая иглы из вены, вводят нужную дозу гепарина. Последующие дозировки гепарина зависят от величины свертывания. Если принять за нормальную величину свертывания по указанному методу 6-8 минут, то при лечении гепарином удлинение времени свертывания до 15-20 минут, определенное к концу 4-го часа от начала последней инъекции герапина, следует расценивать как показатель желаемого терапевтического эффекта. Непосредственно после внутривенной инъекции время свертывания должно быть около 60 минут. При времени меньше 15 минут доза гепарина должна быть увеличена. При времени больше 20 минут существует опасность передозировки. В этом случае гепарин не отменяется, а лишь удлиняются интервалы щиями (например, его вводят не через 4 часа, а каждые 5 или 6 часов в зависимости от степени  времени свертывания). Удлинение времени свертывания в предынъекционном периоде до 30 минут грозит геморрагическими осложнениями и требует уменьшения дозировки.