Все ветвления дендритов клеток Пуркинье происходят в сагиттальной плоскости. При разрезе через мозжечок в направлении, поперечном к плоскости их разветвления, т. е. вдоль извилины, дендриты образуют одну линию с легкими выступами. Зернистый слой состоит из своеобразных клеток-зерен, ядра которых окружены очень малым количеством протоплазмы. Их разветвления контактируют со своеобразными телодендриями волокон, приходящих из белого вещества. Эти волокна названы моховыми. Аксоны клеток зерен поднимаются в молекулярный слой, где они достигают различных уровней и Т-образно делятся вдоль извилин, или, иначе говоря, перпендикулярно разветвлениям дендритов клеток Пуркинье. Таким образом, в молекулярном слое происходит контакт между двумя перпендикулярно расположенными элементами: дендритами клеток Пуркинье и ветвями  клеток-зерен. Основная схема внутренних связей мозжечка состоит в следующем: моховые волокна приносят в мозжечковую кору импульсы извне и передают их многим клеткам-зернам, из которых каждая передает их множеству клеток Пуркинье; клетки Пуркинье направляют импульсы из мозжечковой коры. Таково внутреннее строение коры червя. Аналогичное строение она имеет и в полушариях. В глубине белого вещества червя расположены ядра: nucleus emboliformis, nucleus globosus, nucleus fastigii В глубине белого вещества полушария лежит зубчатое ядро мозжечка-nucleus dentatus. Здесь оканчиваются аксоны клеток Пуркинье, и отсюда импульсы направляются дальше. Выполняя различные функции, червь и полушария имеют особые связи с другими частями нервной системы-как афферентные, к и эфферентные. Рассмотрим систему червя, а затем систему полушарий. Червь получает импульсы через задние мозжечковые ножки: 1) по волокнам прямого мозжечкового пучка, начинающимся от клеток кларковых столбов, 2) по волокнам, начинающимся от клеток ядер задних столбов, проводящих проприоцептивную чувствительность, 3) по волокнам, начинающимся в вестибулярных ядрах. Возможно, что через вестибулярные ядра проходят импульсы от зрительных рецепторов (через tractus tecto-reticularis).